代々木上原教会は、日本キリスト教団に属する2つの教会（※）が合同して1997年に新しく設立されました。その年現在の場所に完成した新会堂を拠点に、以下に述べるような姿勢で活動しています。
私たちは、主イエス・キリストを信じます。主イエスは、すべての人、とくに弱い立場にある人々に対する神の愛を言葉と行いによって証しし、「へりくだって、死に至るまで、それも十字架の死に至るまで」(フィリピの信徒への手紙2章8節)神に服従されました。そして、神の力によって復活し、どんな時にも私たちと共にいると約束して下さいます。私たちは、ただこの方に従って生きたいと願っています。
今、私たちの世界には、戦争やテロを初めとするさまざまな暴力がはびこり、人々を苦しめています。しかし、私たちには夢があります。主イエスは、互いに愛し合って共に生きる「神の国」が必ず来ると約束されました(マルコによる福音書1章15節)。私たちはこの約束を信じ、「敵を愛せよ」(マタイによる福音書5章44節)という戒めに従って生きることを志しています。また、「第二次大戦下における日本基督教団の責任についての告白」（通称：戦責告白）の精神に沿い、世界の、とくにアジアの諸教会と協力して和解を追い求め、寛容の精神をもって他宗派・他宗教の人々とも対話しつつ、真の平和を実現するために努力したいと願っています。
私たちが目指すのは、女性も男性も、またさまざまなセクシュアリティの人々も、高齢者も若い人も、子どもも大人も、障碍者も健常者も、病める人も丈夫な人も、外国人も日本人も、すべての人が「主イエスにおいて一つである」（ガラテヤの信徒への手紙3章28節）ような教会です。それは、一人ひとりの個性が生かされて生きる喜びを分かち合うことができる教会でもあります。私たちはこの目標に向かって歩みたいと心から願っています。
※2つの教会：
「上原教会」と「みくに伝道所」のこと。「上原教会」は赤岩栄牧師の開拓伝道によって1931年に設立、同師が1966年に天に召されるまで一貫してその指導を受けた。井の頭通りに面して旧会堂があった。「みくに伝道所」は1978年に発足した「市谷集会」（牧師･村上伸）が母体である。1983年に教団の伝道所として認可を受けたが会堂は持たず、上原2丁目の渡辺家を連絡先とし、都内に場所を借りて礼拝を守っていた。